La Conferencia del Episcopado Mexicano nació oficialmente en 1955, año en que la Santa Sede aprobó sus primeros Estatutos. Sin embargo, los obispos mexicanos celebraron reuniones plenarias y estaban organizados en un “Comité episcopal”, ya antes de 1935.

Dicho Comité funcionó durante la época más álgida del conflicto entre la Iglesia y el Estado mexicano. Su finalidad, según se estableció en sus Estatutos, era «auxiliar en todos los órdenes al Venerable Episcopado, debiendo servirle a éste principalmente como vínculo de unión y órgano oficial para defender a la Iglesia, orientar, informar y unir a los católicos, y como poder ejecutivo en asuntos del bien general, siguiendo en todo las normas dadas por el Excmo. Sr. Delegado Apostólico».

El Comité Episcopal estuvo constituido por un presidente, un vicepresidente, un secretario y varios vocales, propuestos por el episcopado y aprobados por el delegado apostólico; era auxiliado por una “Comisión Sacerdotal”, que realizaba labores de secretaría.

Monseñor Leopoldo Ruiz y Flores (1865-1941), arzobispo de Morelia, fungió varios años como delegado apostólico y como presidente del Comité. Residiendo en San Antonio, Texas, dadas las circunstancias del país, se mantuvo en constante comunicación con la Santa Sede, y con el vicepresidente del Comité. A través de frecuentes circulares, el Comité cumplió con su misión de informar, orientar y unir a los obispos, y coordinó numerosas acciones conjuntas del episcopado y de los católicos, en general.

1. El Comité Episcopal Mexicano entre 1937 y 1955

En la junta de arzobispos celebrada del 27 al 30 de julio de 1937 en la Ciudad de México, se aprobaron los Estatutos conforme a los cuales funcionaría el “Comité Episcopal Mexicano”, que tenía por objetivo «mirar por el bien general de la Iglesia en nuestra patria, defender la doctrina y los intereses de la misma, y contribuir eficazmente al reinado de Jesucristo sobre la base del Programa nacional aprobado cada dos años por el Venerable episcopado» (art. 1). El Comité funcionaba como cuerpo orientador y consultivo, sin funciones legislativas. Quedó integrado por cinco prelados: presidente, vicepresidente, secretario y dos vocales) elegidos en la Reunión Bienal Plenaria del Episcopado.

Durante este periodo, la estructura del episcopado mexicano se fue consolidando, tomando una proyección cada vez más decisiva y amplia en la Iglesia de México. 

El 5 de noviembre de 1941 fue elegido presidente del Comité Episcopal el arzobispo de Guadalajara, monseñor José Garibi Rivera, quien desempeñó dicho cargo por doce años consecutivos.

2. La Conferencia del Episcopado Mexicano entre 1955 y 1967

La Asamblea Plenaria del Episcopado Mexicano celebrada del 13 al 15 de octubre de 1955, declaró vigentes desde ese momento los Estatutos de la Conferencia del Episcopado Mexicano, aprobados por la Santa Sede, y constituyó formalmente cinco “Comisiones episcopales” como organismos para el estudio de las cuestiones particulares y para la ejecución de las resoluciones de la Asamblea. 

En este periodo se continuó el proceso organizativo, pero con un sentido más “colegial”, basado en el texto mismo de los Estatutos, en el cual fue emergiendo la Asamblea Plenaria como organismo supremo de la Conferencia y que reservó para el Comité Episcopal el actuar en nombre de la Asamblea y de acuerdo al mandato recibido de la misma.

Durante esta etapa, monseñor Octaviano Márquez Toriz, arzobispo de Puebla, fue elegido presidente del Comité Episcopal el 14 de octubre de 1953, y continuó al frente hasta octubre de 1959, fecha en que fue elegido nuevamente el cardenal José Garibi Rivera, arzobispo de Guadalajara. De 1963 a 1967 fungió como presidente nuevamente monseñor Márquez.

3. La CEM en el periodo posconciliar (1966-1979)

Esta etapa estuvo marcada por el esfuerzo de toda la Iglesia en México por asimilar el espíritu del Concilio Vaticano II y aplicar sus directrices, así como preparar y celebrar la II y III Conferencias Generales del Episcopado Latinoamericano (Medellín, 1968 y Puebla, 1979) y aplicar en México sus conclusiones.

El Concilio Vaticano II motivó una indispensable reforma de Estatutos de las conferencias episcopales conforme a las directrices de la Santa Sede; la CEM hizo esta reforma en 1966. Desde entonces, el mecanismo y el estilo de la CEM se fue descentralizando y se les otorgó mayores competencias y más amplias atribuciones a las comisiones episcopales,

Otra característica de esta etapa fue el interés por planificar el trabajo de diversos organismos de la Conferencia, siendo un significativo antecedente y experiencia de planeación pastoral la Unión de Ayuda Mutua Episcopal (UMAE), que llegó a agrupar a la mayoría de las diócesis mexicanas, y que posteriormente fue asumida por la Comisión Episcopal de Pastoral de Conjunto, con el encargo de elaborar un Plan Pastoral Nacional. A la Asamblea Plenaria le competía, por Estatutos (art. 7d), aprobar los planes de trabajo de las comisiones episcopales y del Secretariado General al principio de cada trienio, y, al final del mismo, evaluar sus informes. 

Nuevos Estatutos fueron aprobados por la Santa Sede el 30 de marzo de 1979, los cuales definieron a la CEM como: «la unión permanente de los obispos mexicanos, los cuales, por medio de ella, ejercen colegialmente determinadas tareas de su cargo pastoral, a fin de conseguir el mayor bien que la Iglesia proporciona a los hombres» (art.1). 

En este periodo fueron presidentes de la CEM, el arzobispo de Antequera-Oaxaca, monseñor Ernesto Corripio Ahumada (1967-1973) y el cardenal arzobispo de Guadalajara José Salazar López (1973-1980).

4. La CEM en los últimos cuarenta años (1980-)

    Tratando de adecuar su Estatutos a las nuevas circunstancias y necesidades de los tiempos modernos, la CEM solicitó a la Santa Sede la actualización y modificación de éstos, algo que se concedió en agosto del 2001.

    Finalmente, la LXXXII Asamblea Plenaria de la Conferencia, celebrada en noviembre del 2006, aprobó eventuales modificaciones de los Estatutos, que Santa Sede aprobó en junio del año 2008, entrando en vigor en agosto de ese mismo año.  Así que la actual estructura de la CEM está reglamentada por estos nuevos Estatutos.

    El art. 1º. de éstos definen a la CEM como «el organismo de los obispos de México, en comunión con el Romano Pontífice y bajo su autoridad que oran, reflexionan, dialogan y hacen un discernimiento pastoral de la realidad para transformarla con la fuerza del Evangelio y ejercen unidos algunas funciones pastorales respecto a los fieles de su territorio. Así expresan la comunión y la colegialidad en el ejercicio del ministerio episcopal, para el servicio de la Iglesia en México».

    En este último periodo, han sido presidentes de la CEM: el cardenal arzobispo de México, monseñor Ernesto Corripio Ahumada (1980-1982); el arzobispo de Xalapa, monseñor Sergio Obeso Rivera (1982-1988), el arzobispo de Monterrey, luego cardenal, monseñor Adolfo Suárez Rivera (1988-1994); nuevamente monseñor Sergio Obeso Rivera (1994-1997); el obispo de Torreón, luego arzobispo de San Luis Potosí, monseñor Luis Morales Reyes (1997-2003); el arzobispo de León, monseñor José Guadalupe Martín Rábago (2003-2006); el obispo de Texcoco, luego arzobispo de Tlalnepantla y cardenal, monseñor Carlos Aguiar Retes (2006-2011); el cardenal arzobispo de Guadalajara, monseñor José Francisco Robles Ortega (2012-2018), y el arzobispo de Monterrey, monseñor Rogelio Cabrera López (2018-).